La fumaison consiste à soumettre une denrée alimentaire à l’action des composés gazeux qui se dégagent lors de la combustion de certains végétaux. Le fumage joue plusieurs rôles : aromatisation, coloration, modification de la texture et préservation du produit par effet antimicrobien.

Les réactions d’altération, qu’elles soient chimiques, enzymatiques ou microbiologiques, sont influencées largement par le pH du milieu. La plupart des microorganismes se développent mieux à un pH voisin de 7 (4 à 7,5). Certaines bactéries, notamment les bactéries lactiques et acétiques, sont capables de se multiplier à des pH plus bas que 4. Les produits alimentaires acides, dont le pH<4,5 sont considérés relativement stables. La réduction du pH des produits alimentaires peut être réalisée soit par l’acidification directe du produit, soit par fermentation.

En réduisant l'activité de l'eau d'un aliment, on peut améliorer sa conservabilité. La réduction de l'a_w peut être réalisée directement par déshydratation ou indirectement en liant l’eau disponible par ajout d’agents dépresseurs de l’activité de l’eau tels que le sucre et le sel.

Selon l’objectif recherché, on distingue plusieurs techniques de conservation des aliments par traitement thermique comme la stérilisation, la pasteurisation, la thermisation, la cuisson et le blanchiment. La différence entre ces techniques réside dans la température et la durée de traitement de l'aliment. Les objectifs recherchés peuvent être : l'inhibition de l'activité enzymatique, la destruction des bactéries pathogènes ou l'arrêt de toutes activités que sa soit enzymatique ou microbienne.

Deux techniques sont utilisées pour la conservation des aliments par le froid : la réfrigération et la congélation. La réfrigération, utilisée pour la conservation à court terme, consiste à entreposer les aliments à une température basse, proche du point de congélation, mais toujours positive par rapport à celui-ci. La congélation consiste à entreposer les aliments à des températures inférieures au point de congélation, généralement -18°C ; elle est utilisée pour la conservation des aliments à long terme.

La mycotoxicose est une intoxication alimentaire due à l’ingestion d’aliments contenant une quantité suffisante de mycotoxines qui sont des métabolites toxiques élaborées par certaines moisissures. Divers cas de mycotoxicose sont connus. Il s’agit notamment de : l’ergotisme, l’angine septique (ou ATA « Alimentary Toxic Aleukia »), le béribéri cardiaque aigue (ou « yellow rice disease ») et la mycotoxicose dues aux toxines produites par Aspergillus flavus.

Les amines biogènes sont des amines non volatiles qui provient de la dégradation microbienne des denrées riches en protéines. Ce sont des métabolites normaux des plantes, des animaux et des microorganismes. Cependant, la contamination microbienne d’aliments entraîne une production excessive d’amines biogènes ce qui conduit à une intoxication alimentaire après ingestion de ces denrées. Les principales amines biogènes rencontrées dans les aliments sont l’histamine, la tryptamine, la tyramine, la putrescine, la cadaverine, la spermidine et la spermine.

Les infections parasitaires d'origine alimentaire sont dues essentiellement aux nématodes, cestodes, trématodes et protozoaires. Les aliments les plus incriminés sont les produits carnés, les produits de la pêche, certains aliments dits exotiques (cuisses de grenouilles, escargots et limaces) et certains aliments végétaux tels que la laitue, le céleri ou le persil contaminés par des larves suite à l’irrigation par des eaux contaminées.

Les principales infections virales d’origine alimentaire sont l’hépatite virale A, la poliomyélite, la fièvre hémorragique bolivienne et l’encéphalite russe. Elles sont dues à l’ingestion d’aliments contenant des virus capables de survivre dans le tube digestif et attaquer soit la flore intestinale (le cas des bactériophages), soit les cellules des organismes humains (cas des virus animaux).

Les intoxications et toxi-infections alimentaires bactériennes sont dues essentiellement aux Listeria monocytogenes, Yersinia enterocolitica, le genre Salmonella, Staphylococcus aureus, Clostridium perfringens et Clostridium botulinum. Elles constituent la cause la plus fréquente d'infections alimentaires.