Microorganismes des aliments : 4 principaux groupes de microorganismes présents dans les aliments

Microorganismes des aliments, de quoi parle-t-on ?

Les microorganismes des aliments sont les germes microbiens qu’on trouve associés aux aliments. Ce sont donc soit des germes de contamination initiale de la matière première, soit des contaminants dus à la manipulation et transformation de cette matière, soit des microorganismes ajoutés volontairement dans un but technologique (cas des ferments lactiques par exemple).

Les différentes sources de contamination microbienne des aliments sont abordé dans un autre document : « Sources de contamination des aliments par les microorganismes ».

Les microorganismes des aliments sont représentés principalement par quatre groupes : Les bactéries, les levures, les moisissures et les virus.

Bactéries

Parmi tous les microorganismes existants, ce sont les bactéries qui posent le plus de difficultés dans la conservation des aliments. La plupart des bactéries sont relativement inoffensives, mais elles sécrètent des enzymes capables d’altérer les aliments. Dans certains cas, les bactéries peuvent produire des substances toxiques.

Parmi une trentaine de genres bactériens qu’on rencontre sur les aliments, les plus importants sont Escherichia, Salmonella, Pseudomonas, Bacillus, Clostridium, Staphylococcus et Lactobacillus. Certaines espèces comme Salmonella typhi, Staphylococcus aureus et Clostridium botulinum sont pathogènes. Le tableau 1 ci-après regroupe les principaux genres bactériens rencontrés dans les aliments.

Levures

Très répandues dans la nature, les levures affectent particulièrement les produits acides, sucrés, salés ou riches en matières grasses. Elles tolèrent mieux le froid que la chaleur ; la plupart des levures sont détruites à partir de 77°C.

La plupart des levures rencontrées sur les aliments appartiennent aux familles des Saccharomycetaceae et Crytococcaceae. Le tableau 2 ci-après regroupe les principaux genres de levures rencontrées dans les aliments.

En générale, les levures ne sont pas pathogènes. Mais leur présence dans les aliments est souvent indésirable à cause des altérations que peuvent engendrer.

Moisissures

Les moisissures sont très répandues dans la nature ; elles sont communes dans le sol et dans les poussières en suspension dans l’air. Lorsque les conditions d’humidité, d’aération et de température s’y prêtent, les moisissures peuvent se développer sur presque tous les aliments. L’apparition commune de tâches verdâtres ou noires sur le pain en fournit un exemple banal.

Les moisissures sont en outre capables de survivre dans de nombreux autres milieux paraissant à priori contre-indiqués à la vie. Parmi ceux-ci, on peut citer les solutions concentrées de certains acides, les solutions très diluées de certains sels, colles, etc. Cependant, elles ne peuvent se développer qu’en présence d’oxygène.

Les moisissures se développent très facilement sur les murs et plafonds des bâtiments très humides où souvent se forme de la condensation. Elles parviennent même à proliférer dans les réfrigérateurs car elles tolèrent beaucoup mieux le froid que la chaleur.

Les moisissures sont aussi capables de consommer des acides. Leur présence dans les aliments acides peut neutraliser l’acidité qui empêche en temps normal le développement de Clostridium botulinum.

Plusieurs genres de moisissures sont rencontrés sur les aliments mais les plus fréquents sont : Aspergillus, Alternaria, Botrytis, Penicillium, Rhizopus et Mucor. On les rencontre principalement dans les céréales et dérivés, les produits laitiers, les viandes et charcuteries, les oléagineux, les fruits et légumes, les fruits secs, les confitures et les boissons (Tableau 3).

Certaines espèces de moisissures sont toxinogènes ; elles produisent des mycotoxines dont l’ingestion en une quantité suffisante provoque une intoxication chez le consommateur. Cependant, la présence d’une espèce toxinogènes sur une denrée alimentaire se ne signifie pas forcément que celle-ci  est dangereuse ; il est nécessaire de rechercher et doser les mycotoxines dans l’aliment afin de confirmer ou affirmer son innocuité. En effet, le substrat et les conditions de l’environnement jouent un rôle important dans le niveau de production des mycotoxines.

Virus

Les virus ne peuvent se reproduire qu’à l’intérieur d’une cellule vivante. Ils parasitent aussi bien les êtres vivants pluricellulaire (animaux, plantes) que les unicellulaires (bactéries, etc.). Ils sont présents sur de nombreux produits alimentaires. On distingue les virus spécifiques des bactéries (bactériophages) et les virus infectieux spécifiques des cellules animales.

Les bactériophages s’attaquent à la flore intestinale et provoquent des troubles plus au moins graves. On les retrouve sur les aliments supportant un grand nombre de bactéries-hôtes. Ils se transmettent par voie fécale-orale.

Les virus infectieux spécifiques des cellules animales se retrouvent sur certains produits alimentaires et se transmettent aussi par voie fécale-orale.

Comme exemples de virus, on peut mentionner le virus de la poliomyélite, le virus de l’hépatite, les Echovirus, les Adénovirus, etc.